Rianalisi dei dati esomici in pazienti con malattie del neurosviluppo

Neurodevelopmental disorders affect over 3% of children worldwide. Genetic diagnoses is achieved in only 30% of cases by application of various techniques as chromosomal microarray (CMA), screening of gene panels, and whole exome analysis (ES). Most pathogenic variants are located within the coding sequence of DNA underlying the ES as an effective diagnostic technique. Evidence in scientific literature suggests that exome reanalysis can increase diagnostic efficiency by about 15-20%. In this study, data from ES of a cohort of 30 patients within the NeuroWES project were reanalyzed, as no genetic diagnosis had been reached after the initial analysis. Through variations in the bioinformatics pipeline, new information from the scientific literature, and the application of methylation analysis in some cases, a genetic diagnosis was reached in 3 cases, where in 2 cases were identified variants of uncertain significance. The data on the diagnostic efficiency of reanalyzing exome data obtained from this study are in line with those reported in the scientific literature.

I disturbi del neurosviluppo colpiscono oltre il 3% dei bambini a livello globale. La diagnosi genetica viene effettuata solo nel 30% dei casi mediante l'applicazione di diverse tecniche, come il microarray cromosomico (CMA), lo screening di pannelli genici e l'analisi dell'intero esoma (ES). La maggior parte delle varianti patogene si trova all'interno della sequenza codificante del DNA, il che rende l'ES una tecnica diagnostica efficace. Le evidenze presenti nella letteratura scientifica suggeriscono che la rianalisi dell'esoma può aumentare l'efficienza diagnostica di circa il 15-20%. In questo studio, sono stati rianalizzati i dati dell'ES di una coorte di 30 pazienti del progetto NeuroWES affetti da malattie del neurosviluppo non diagnosticata. Attraverso variazioni nella pipeline bioinformatica, nuove informazioni dalla letteratura scientifica e l'applicazione dell'analisi della metilazione in alcuni casi, è stata raggiunta una diagnosi genetica in 3 casi, in altri 2 sono state identificate varianti di significato incerto. I dati sull'efficienza diagnostica della rianalisi dei dati esomici ottenuti da questo studio sono in linea con quelli riportati nella letteratura scientifica.