Allestimento di campioni di RNA per analisi trascrittomica in pazienti psichiatrici: fattori che influenzano la qualità

RNA analysis allows the study of gene expression, an essential method for investigating cellular alterations in genetic diseases. The study conducted aimed to compare the quality of RNA extracted from different matrices (saliva, oral swab, PBMC cells, and SHED-190 cultured cells) and using different extraction kits. The study aimed to identify the optimal conditions for RNA extraction from blood cells to study the transcriptome in a cohort of patients with psychiatric disorders. The methods employed describe various stages, starting from sample collection to their purification and the quality results of the extraction. The research objective is to select the method with the best balance between the quality and quantity of extracted RNA to perform transcriptomic analyses under optimal conditions. Parameters measuring the quality and quantity of extracted RNA were examined by methods using spectrophotometric analysis with Nanodrop, fluorometric analysis with Qubit, and automated high-resolution electrophoresis with Bioanalyzer. Different kits from various companies were used for extraction (Zymo Research Direct-zol RNA Miniprep, Monarch Total RNA Miniprep Kit, Quantabio Extracta Plus RNA, and Omega Bio-Tek E.Z.N.A. DNA/RNA Kit), with the results compared in terms of the quantity and quality of extracted RNA for the different available matrices. The quality analysis results showed that the ideal extraction method involves RNA purification from PBMC using Quantabio Extracta Plus RNA.

L’analisi del RNA permette lo studio dell’espressione genica, un metodo essenziale per studiare le alterazioni cellulari nelle malattie genetiche. Lo studio effettuato è volto a confrontare la qualità di RNA estratto da diverse matrici (saliva, tampone buccale (swab), cellule PBMC e cellule SHED-190 in coltura) e con diversi kit di estrazione. Lo studio ha avuto lo scopo di individuare le condizioni ottimali da applicare all’estrazione di RNA da cellule del sangue per studiare il trascrittoma in una coorte di pazienti con disturbi psichiatrici. Nei metodi utilizzati, vengono descritte le varie fasi, a partire dalla raccolta dei campioni fino alla loro purificazione e ai risultati di qualità dell’estrazione. L’obiettivo della ricerca è selezionare il metodo con il miglior rapporto tra qualità e quantità di RNA estratto al fine di svolgere le analisi trascrittomiche nelle condizioni ottimali. Sono stati esaminati parametri che misurano la qualità e la quantità del RNA estratto mediante metodiche che si basano sull’utilizzo di analisi spettrofotometriche con Nanodrop, fluorimetriche con Qubit e di elettroforesi automatizzata ad alta risoluzione con Bioanalyzer. Per l’estrazione sono stati utilizzati kit da diverse ditte (Zymo Research Direct-zol RNA Miniprep, Monarch Total RNA Miniprep Kit, Quantabio Extracta Plus RNA e Omega Bio-Tek E.Z.N.A. DNA/RNA Kit) confrontando i risultati in termini di quantità e qualità di RNA estratto per le diverse matrici a disposizione. Il risultato delle analisi di qualità ha mostrato che il metodo ideale di estrazione prevede la purificazione dell’RNA a partire dai PBMC attraverso l’uso del kit Quantabio Extracta Plus RNA.