Biodiversità batterica in formaggi a lunga stagionatura mediante utilizzo di tecnica denaturing gradient gel electrophoresis

The cheese is a food that has developed over time along with the human civilization for 5000 years; only recently has been possible to standardize production so that this food can meet the demands of the market and public safety. A big step forward has been made through the study of lactic acid bacteria (LAB) responsible for the different transformations to the base of the many variants of this food. For a long time the data on the microbiome of the cheese were incomplete due to the strong inherent limitations of culture dipendent techniques ; the introduction of independent culture methods has allowed us to overcome this limitation, thus warranting more precise. The culture independent technique that has the highest number of publication , both within the food's microbiota and in many others microbiota ( including humans) is the technique of PCR -DGGE and its more modern variant RT-PCR-DGGE. Denaturing gradient gel electrophoresis technique it is especially valued for its ability to discriminate different sequences for single mutations using different denaturation profiles. In this paper, analyzes were performed on samples of the stages of production and ripening of long-ripening cheese GranBiraghi®, which had already been made analysis with culture dependent methods. The comparison of the data obtained with the two different methods has showed similarities and differences, this situation has already been observed in other studies with this approach. In particular, the species of lactic acid bacteria starter are still present throughout ripening, although these species are no longer cultivable from the third month. The work has allowed us to analyze other species that previous work had not taken into account.

Il formaggio è un alimento che nel tempo si è sviluppato insieme alla civiltà umana per 5000 anni; solo recentemente però è stato possibile standardizzarne la produzione in modo che questo alimento possa venire incontro alle richieste di mercato e di sicurezza pubblica. Un grande passo avanti è stato fatto grazie allo studio dei batteri lattici (LAB) responsabili delle diverse trasformazioni alla base delle molte varianti di questo alimento. Per molto tempo i dati sul microbioma del formaggio sono stati incompleti a causa delle forti limitazioni intrinseche delle tecniche coltura dipendenti; l'introduzione di metodiche colture indipendenti ha permesso di superare questo limite, garantendoci quindi una quantità di dati maggiore e di maggiore precisione. La tecnica coltura indipendente che vanta il maggior numero di pubblicazione, sia nell'ambito del microbiota negli alimenti, che in molti altri (uomo compreso) è la tecnica PCR-DGGE e la sua variante più moderna RT-PCR-DGGE. La tecnica Denaturing gradient gel electrophoresis è particolamente apprezzata per la sua capacità di discriminare sequenze differenti anche per singole mutazioni sfruttando i diversi profili di denaturazione. In questo lavoro sono state eseguite analisi sui campioni delle fasi di produzione e stagionatura del formaggio a lunga stagionatura Granbiraghi® su cui erano già state fatte analisi con metodiche coltura dipendenti. Dal confronto dei dati ottenuti con le due diverse metodiche si sono osservate similitudini e differenze, situazione già osservata in altri lavori con questo approccio. In particolare le specie dei batteri lattici starter risultano presenti ancora durante tutta la stagionatura, sebbene queste stesse specie non fossero più coltivabili a partire dal terzo mese. Il lavoro ha anche permesso di analizzare altre specie che il lavoro precedente non aveva preso in considerazione