Applicazione delle tecniche del DNA barcoding e DNA mini-barcoding per la tracciabilità alimentare di prodotti ittici commerciali

In una filiera lunga e complessa come quella dei prodotti ittici spesso è difficile seguire e controllare le modalità di pesca, la manipolazione, lo stoccaggio e la distribuzione del prodotto. Le materie prime possono arrivare da diverse parti del mondo e possono subire lavorazioni quali la filettatura, il congelamento, l’omogeneizzazione con conseguente modificazione dei caratteri morfologici che rendono difficile il riconoscimento della specie. Specie ittiche pregiate possono inoltre essere sostituite con altre meno costose, più facili da reperire o non commerciabili in quanto dannose. Per rilevare le frodi alimentari che coinvolgono i prodotti ittici in questo lavoro di tesi sono state testate le tecniche di biologia molecolare note come DNA barcoding e DNA mini-barcoding su un totale di cinquantanove prodotti forniti da aziende italiane del settore ittico. I prodotti a base di pesce fresco, lavorato, congelato, inscatolato sono stati catalogati riportando il numero di lotto, la specie dichiarata, il tipo di lavorazione e la matrice di conservazione. Particolare attenzione è stata data ai campioni conservati sott’olio e in salamoia, conserve che ostacolano l’estrazione del DNA e inibiscono la reazione di PCR; pertanto, questi campioni sono stati sottoposti ad una fase di pretrattamento rispettivamente in soluzione cloroformio/metanolo/H2O e in soluzione fisiologica. Il lavoro di tesi ha testato tre diversi protocolli di estrazione del DNA, due provenienti da kit commerciali ed uno reperito in letteratura. Il DNA estratto è stato successivamente quantificato mediante fluorimetro ed amplificato con la tecnica della PCR utilizzando coppie di primer universali e specifiche costruite sulle regioni mitocondriali COI, Cytb, 16S, CR e sulla regione nucleare ITS5. La selezione dei target analitici mitocondriali è stata effettuata in relazione alla tipologia di prodotto (pesce osseo, cefalopode, crostaceo) e al grado di frammentazione del DNA estratto. I risultati ottenuti dal sequenziamento Sanger degli amplificati sono stati confrontati con la banca dati open access GenBank considerando attendibili i risultati con percentuale di identità ≥ 98%. Questi dati sono stati messi a confronto con le specie dichiarate in etichetta evidenziando la presenza di specie frodate nell’8% del totale dei campioni in analisi.