Approccio genetico e genomico allo studio della resistenza alla Leishmaniosi Canina

La Leishmaniosi Canina (CanL) è una patologia il cui agente eziologico è un protozoo, Leishmania infantum, responsabile di zoonosi, ed è trasmessa dal morso dei flebotomi. La sintomatologia clinica di CanL è molto eterogenea, non specifica e solo una parte degli infetti sviluppa la patologia. La progressione dell’infezione è influenzata da diversi fattori, tra i quali il background genetico dell’ospite. Diversi studi, durante gli anni, si sono concentrati sulla ricerca di alleli associati alla suscettibilità o alla resistenza a CanL in diversi geni candidati, coinvolti nell’espressione di fattori immunogenetici. Nel 2017, da Silva et al., trovò una possibile associazione tra i polimorfismi nel gene CBD1 e l’infezione nei cani. Sono stati inoltre fatti diversi studi GWAS (Genomic Wide Associations Studies) che hanno permesso di ampliare il panorama dei geni candidati. L’obiettivo dello studio è valutare le possibili differenze genetiche in una popolazione di cani di razza English Setter nei confronti della Leishmaniosi Canina utilizzando diversi approcci. L’approccio genetico consiste nel cercare i polimorfismi descritti dalla letteratura nel gene candidato CBD1. L’approccio genomico utilizza due diverse analisi, l’analisi GWAS per identificare nuove regioni e marcatori, l’analisi delle ROH (run of homozygosity) per individuare eventuali tracce di selection signature. Sono stati presi in considerazione 12 cani di razza English Setter provenienti da un allevamento di Bari. I cani hanno un’età compresa tra 1-13 anni, sono di entrambi i sessi, condividono lo stesso ambiente, ovvero un box all’esterno. Per il seguente studio sono stati eseguiti esami ematobiochimici, test immunologici ed è stato attribuito un clinical score a Maggio 2021, successivamente i cani positivi ai test immunologici sono stati rivisitati a T90, T180 e T630. Solo 10 sono stati presi in considerazione per le analisi e il DNA è stato estratto da campioni di sangue venoso. Successivamente è stata eseguita la ricerca di polimorfismi del gene candidato tramite PCR e sequenziamento. Il DNA è stato genotipizzato con l’illumina Canine HD BeadChip assay; per l’analisi GWAS è stato utilizzato l’approccio GRAMMAR, per le analisi ROH il pacchetto R detectRUNS. L’approccio gene candidato non ha confermato l’associazione travata da Da Silva et al., (2017) probabilmente a causa del ridotto numero di individui esaminati. L’analisi GWAS ha permesso di identificare 12 SNP significativamente associati (p-value< 0.01) con il fenotipo. A seguito di correzione con la Suggestive Association Threshold (SAT) solo un marcatore sul cromosoma 37 è risultato ancora significativo. In un range di 100kb prima e dopo lo SNP sono state individuate solamente delle lncRNA, non caratterizzate. L’analisi ROH ha individuato nei resistenti una ROH a livello del cromosoma 33, in cui è presente il gene CD86, coinvolto nella risposta immunitaria. Inoltre, sul cromosoma 25 la ROH identificata si sovrappone alla ROH islands descritta nel lavoro di Gorssen et al. (2021). Ulteriori approfondimenti sono necessari per indagare eventuali polimorfismi nel gene CD86 e la regione in prossimità del marcatore significativo sul cromosoma 37.