Ruolo dei microrganismi alofili nell'insorgenza di difetti durante la stagionatura del Prosciutto Crudo Iberico: studio della popolazione batterica mediante Multi-Amplicon Metabarcoding

Titolo:Ruolo dei microrganismi alofili nell'insorgenza di difetti durante la stagionatura del Prosciutto Crudo Iberico: studio della popolazione batterica mediante Multi-Amplicon Metabarcoding Introduzione: Il prosciutto crudo iberico, ottenuto da suini di razza rustica iberica e tramite tecniche tradizionali, è ampiamente apprezzato dai consumatori. Tuttavia, talvolta può presentare dei difetti di stagionatura, presumibilmente dovuti all’attività di microorganismi presenti nel prodotto, che possono renderlo inadatto per il consumo umano, determinando notevoli perdite economiche per l’industria. Obiettivi: Il presente studio si focalizza sull'analisi delle popolazioni batteriche alofile e alotolleranti presenti all'interno del prosciutto crudo iberico con difetti di stagionatura, al fine di confrontarle con quelle presenti nel prosciutto stagionato correttamente. Per questo obiettivo è stato impiegato un approccio di Amplicon Sequencing, mediante il sequenziamento del gene 16s rRNA batterico mediante la tecnologia Ion Torrent. Nello specifico, è stato utilizzato un approccio di Multi Amplicon Metabarcoding, che si è dimostrato utile per confrontare i risultati delle diverse regioni variabili del gene marker utilizzato. Materiali e metodi: Per il sequenziamento del 16s rRNA batterico è stata utilizzata la piattaforma Ion Torrent insieme al kit Ion 16STM Metagenomics, il quale consente di sequenziare le regioni V2,V3,V4,V6-7,V8,V9. Con il programma QIIME2 è stata valutata la qualità delle reads ed è stata effettuata l’assegnazione tassonomica tramite l’algoritmo VSEARCH con il database SILVA. L’analisi bioinformatica e statistica è stata eseguita con il programma Microeco di R. L’analisi dei genomi da un punto di vista filogenetico e funzionale è stata eseguita con il programma Anvi’O. Risultati e Considerazioni: I dati ottenuti in questo studio suggeriscono che la comparsa del deterioramento profondo nel prosciutto iberico sia causata da un gruppo di differenti specie batteriche, che popolano anche i prosciutti normalmente stagionati, ma che probabilmente raggiungono cariche elevate nei prosciutti con difetto. Tali batteri, attraverso un’intensa attività metabolica, sono in grado di provocare il deterioramento della componente proteica e lipidica della carne. Le unità tassonomiche che differenziano i prosciutti con difetto da quelli normali sono l’ordine Enterobacterales, la famiglia Enterococcaceae e il relativo genere Tetragenococcus, in particolare la specie T. halophiuls. Dall’analisi filogenetica emerge che non tutti i ceppi di T.halophilus sembrano appartenere a questa specie (ANI < 95%), suggerendo la necessità di una riassegnazione tassonomica. Dall’analisi funzionale T.halophilus ha dimostrato di possedere un maggior numero di geni che codificano per il trasporto e il metabolismo dei lipidi e degli aminoacidi rispetto a T.koreensis, indicando che queste due specie possiedono differenze funzionali significative e che T. halophilus potrebbe determinare il deterioramento della carne. Per comprendere appieno il ruolo che Tetragenococcus spp assume nel processo di produzione del prosciutto crudo iberico, si rendono necessari ulteriori studi che prevedano l’isolamento dei batteri del genere Tetragenococcus da prosciutti con difetto, la loro inoculazione all’interno delle cosce di suino a inizio stagionatura e le analisi delle variazioni di carica microbica e delle attività metaboliche di tali batteri nel corso del processo produttivo