Possibilità e Limiti di Infomap nella Ricerca di Comunità in Reti Bipartite

Grazie alla creazione di database online come The Cancer Genome Atlas (TCGA), abbiamo a disposizione una grande quantità di dati genomici, epigenetici e trascrittomici sui diversi sottotipi tumorali. Si è quindi rivelato anche in questo ambito particolarmente importante il problema della ricerca di comunità, che ci può permettere di identificare quali geni siano alla base dell’eterogeneità dei casi clinici e idealmente di prevedere lo sviluppo di queste patologie. Infomap è un software che usa un metodo di clustering dinamico basato sulla map equation, che cerca partizioni che contengono a lungo il cammino di un random walker al loro interno. Questo metodo ha a lungo ignorato l’informazione sulla struttura bipartita delle reti, ma è stato recentemente proposto uno schema che codifica ed utilizza questa informazione a tassi differenti. Lo scopo di questa tesi è quindi quello di testare Infomap su una rete ricavata da dati del TCGA per comprenderne potenzialità e limiti nell’ambito della ricerca in biologia molecolare.