CARATTERIZZAZIONE MOLECOLARE DI FUSARIUM SPP. ISOLATI IN RISAIA NELLA STAGIONE 2009

Bakanae is causing losses in rice fields during the last years. Understanding the distribution of Fusarium's population in rice fields may be the starting point to discover new control strategies of bakanae. Molecular characterization is the quickest method to identify the Fusarium species mainly involved in the disease spreading. The samples of Fusarium spp. were isolated from seeds and from symptomatic plants taken from the experimental field and from the surveys carried out from ten fields in Novara, Vercelli and Pavia provinces to check the incidence of the disease during 2009. Molecular characterization is based on amplifying and sequencing the gene that encodes for the translation elongation factor of the 1-α (TEF gene). 85% of the samples is contaminated by F. fujikuroi. 87% of the samples isolated from tissues is contaminated by F. fujikuroi, the remaining is contaminated by F. oxysporum; 81% of the samples isolated from seed is contaminated by F. fujikuroi, but many other species have been with percentage below of 7%: F. graminearum, F. proliferatum, F. andiyazi, F. verticillioides, F. equiseti. The sequence carried out was used to identify isolates by comparing them in NCBI database (BLASTn analysis), to build a dendogram to evaluate phylogenetics relationships between differents Fusarium spp..

Il bakanae sta causando sempre maggiori perdite alle coltivazioni risicole italiane. Conoscere la distribuzione della popolazione di Fusarium spp. nelle risaie del Nord Italia può costituire un buon elemento di partenza per mettere a punto strategie di contenimento nei confronti del bakanae. La caratterizzazione molecolare è il metodo più rapido per identificare le specie di Fusarium principalmente coinvolte nella diffusione della malattia. I campioni di Fusarium spp. sono stati isolati a partire da seme e da piante sintomatiche prelevate dal campo e dai rilievi effettuati in dieci campi nelle province di Novara, Vercelli e Pavia per monitorare l'incidenza della malattia nella stagione 2009. La caratterizzazione molecolare è basata sull'amplificazione e sequenziamento del gene che codifica per il fattore di allungamento della trascrizione 1-α (gene TEF). L'85% dei campioni è risultato infetto da Fusarium fujikuroi. Negli isolati da tessuto l'87% è contaminato da F. fujikuroi, il restante da F. oxysporum; negli isolati da seme F. fujikuroi è presente nell'81% dei casi, ma sono state rilevate molte altre specie in percentuali sotto al 7%: F. graminearum, F. proliferatum, F. andiyazi, F. verticillioides, F. equiseti. Le sequenze ottenute sono state utilizzate sia per identificare gli isolati mediante confronto con la banca dati dell'NCBI (analisi BLASTn), sia per costruire un dendrogramma per valutare le relazioni filogenetiche esistenti tra le diverse specie di Fusarium identificate.