Sequenziamento del gene LPL nella bufala Mediterranea Italiana, genetic markers discovery e studio di associazione con il profilo acidico del latte

La produzione di latte di bufala è la seconda più importante a livello mondiale, dopo quella bovina; si dimostra particolarmente rilevante in Italia, in quanto è strettamente legata alla produzione della Mozzarella di Bufala Campana DOP. Nonostante l’importanza della filiera del latte bufalino, la possibilità di migliorarne i prodotti risente della limitata ricerca scientifica che la accompagna, soprattutto se confrontata con la letteratura nota per il latte bovino. L’enzima lipoproteina lipasi (LPL) svolge un ruolo fondamentale nel metabolismo dei grassi e incide sulla composizione lipidica del tessuto adiposo e del latte. Per tale motivo, lo studio descritto in questa tesi si pone come obiettivo quello di approfondire le conoscenze riguardo il gene LPL nella bufala Mediterranea Italiana e di trovare marcatori che possano influenzare la componente acido-grassa del latte. Il sequenziamento di una parte del gene LPL (dall’esone 1 al 4) e del suo promotore ha messo in evidenza una discreta variabilità genetica (11 SNP trovati). L’attenzione si è quindi focalizzata su due SNP con un potenziale effetto funzionale: g.-446A>G (al promotore) e g.107A>G (all’esone 1). Metodiche PCR-RFLP sono state sviluppate per il genotyping di questi due SNP in una popolazione di 523 bufale, sono state calcolate le frequenze alleliche (rispettivamente 0,68 e 0,63 per l’allele G) e tra i due SNP è stato rilevato un forte linkage disequilibrium (D’=1 e r2=0,903). Per valutare l’aspetto funzionale dello SNP al promotore e la sua influenza sull’espressione genica sono state effettuate due metodiche complementari: una dual-color EMSA, che ha permesso di osservare come il fattore di trascrizione Sp1 riesca a creare un legame esclusivamente con il genotipo g.-446GG, e una PCR quantitativa, la quale ha confermato la sovraespressione del gene in presenza di questo genotipo (GG), fino a 2,5 volte in più rispetto ai genotipi AA ed AG. Inoltre, l’analisi del profilo acidico in una subpopolazione di 380 bufale ha consentito di sviluppare un modello statistico per lo studio di associazione con il genotipo. I risultati hanno evidenziato una significativa associazione tra il genotipo GG e un maggiore contenuto di n-3 PUFA nel latte (che in presenza di questo genotipo è 0,315%), rispetto ai genotipi omozigote A (0,291%) e eterozigote AG (0,294%). Si è proseguito quindi il sequenziamento del gene dall’esone 6 al 9, dal quale sono emersi ulteriori 7 SNP. Quest’ultima analisi effettuata è tuttavia solamente un primo step di un’eventuale indagine aggiuntiva e, insieme ai risultati già ottenuti, possono essere un nuovo punto di partenza per ulteriori studi riguardo la struttura e la variabilità genetica del gene LPL e il suo ruolo nel miglioramento della qualità del latte di bufala.