Indagine con metodi molecolari su funghi agenti di carie basale su Quercus spp.

The present work is aimed at investigating basal decay fungi on trees belonging the genus Quercus. For this purpose, parallel to a survey with traditional methods based on the retrieval of fungal fruit bodies, we performed an investigation through innovative molecular diagnostic methods for detection of fungal DNA on plant without fruit-bodies. The survey was conducted at the park of Trino Vercellese (VC) on 16 stumps of Red oak (Quercus rubra) and three of Peduncolate oak (Quercus robur), felled for the local plan of adjustment. Stumps with chromatic and/or structural alterations of wood were examined for a total of 27 samples analyzed. Molecular analysis were performed on DNA extracted both directly from wood and from fungal culture isolated from the same wood samples. The main fungal taxa reported on Quercus spp. are Fuscoporia torulosa, Inonotus dryadeus, Gymnopus fusipes, Ganoderma applanatum, G. resinaceum, Armillaria spp., Fomes fomentarius and Pleurotus spp. No-one of the surveyed stumps showed any fungal fruit bodies. Conversely the survey with molecular methods enabled detecting at least one fungus in each of the 19 investigated stumps, and indentifying the corresponding fungal taxon in 13 cases (68,4%). The most frequently detected fungal taxon was Ganoderma resinaceum, identified on 5 stumps. Schizophyllum sp., G. adspersum and Pleurotus sp. were detected in two cases. Finally, Dichostereum durum, Hypholoma fasciculare, H. sublateritium, Marchandiomyces sp., Sistotrema brinkmannii and Armillaria sp., were detected in only one stump. This study supplied data related on the spread of different basal decay fungi on Quercus spp., as well as proved molecular methods, and in particular Multiplex-PCR, to be valuable diagnostic tools for the investigation of decay fungi in absence of fruit-body. Moreover, a methodological approach based on DNA extracted directly from wood, although more expensive, resulted more rapid and efficient of methods based on a preliminary isolation of pure fungal culture.

Il presente lavoro ha come principale obiettivo l'indagine su funghi agenti di carie basale su piante del genere Quercus spp. A tale scopo, parallelamente all'indagine effettuata in bosco con metodi tradizionali basati sul reperimento di corpi fruttiferi fungini, è stata eseguita un'indagine con innovativi metodi di diagnosi molecolare per l'individuazione del DNA fungino in piante senza corpi fruttiferi. L'indagine è stata svolta presso il parco di Trino Vercellese (VC) su 16 ceppaie di Quercia rossa (Quercus rubra) e tre di Farnia (Quercus robur), abbattute in attuazione del piano di assestamento locale. Sono state esaminate le ceppaie che presentavano evidenti alterazioni cromatiche e/o strutturali del legno. In totale sono stati prelevati 27 campioni. Le analisi molecolari sono state svolte sul DNA estratto sia direttamente dai campioni di legno, sia dalle colture fungine isolate in purezza dagli stessi campioni di legno. Dalla ricerca bibliografica i principali taxa fungini ricorrenti su Quercus spp. sono Fuscoporia torulosa, Inonotus dryadeus, Gymnopus fusipes, Ganoderma applanatum, G. resinaceum, Armillaria spp., Fomes fomentarius e Pleurotus spp. La ricerca dei corpi fruttiferi in bosco ha dato esito negativo. Invece l'indagine con i metodi di diagnosi molecolare ha consentito di individuare almeno un fungo in tutte le 19 ceppaie indagate, e identificare il taxon fungino corrispondente in 13 casi (68,4%). L'agente cariogeno rilevato con maggiore frequenza è stato Ganoderma resinaceum, identificato su 5 ceppaie. In due casi poi è stata riscontrata la presenza di Schizophyllum sp., G. adspersum e Pleurotus sp. Infine sono stati identificati in una sola ceppaia Dichostereum durum, Hypholoma fasciculare, H. sublateritium, Marchandiomyces sp., Sistotrema brinkmannii e Armillaria sp. Oltre ai dati sulla diffusione dei principali funghi agenti di carie basale in Quercus spp., questo lavoro ha evidenziato la validità dei metodi molecolari, ed in particolare delle Multiplex-PCR, come accurati strumenti diagnostici per l'indagine di funghi agenti di carie in assenza di corpi fruttiferi. È inoltre emerso come un approccio metodologico basato sull'estrazione del DNA direttamente da legno, benché più costoso, risulti più rapido e significativamente più efficiente di procedimenti basati su un preliminare isolamento in purezza delle colture fungine.