DNA methylation constitutes an important epigenetic mechanism that regulates gene expression and can influence numerous biological and developmental processes. Existing literature has shown that DNA methylation can vary in response to seasonal factors related to the time of birth, such as day length, temperature and UV exposure. These variations can have important implications for long-term health, affecting the risk of developing mental illness, psychiatric disorders, allergic diseases and other medical conditions. The aim of this thesis is to investigate the relationship between birth month and DNA methylation, assessing whether significant differences in methylation patterns exist between individuals born in different months, known as the Relative Age Effect. DNA methylation data of 2060 individuals from the Italian centres of the Epic-Italy study were analysed, controlling for various confounders such as age at recruitment, sampling centre, sex and season of blood sampling. The association between month of birth and methylation percentage, represented by the Beta value, was assessed by correcting for various statistical methods. Using Bonferroni, Sidak, Holm and Hochberg's threshold and that of the False Discovery Rate, three significant CpG sites emerged in Q2: one CpG site in particular is linked to the CACNG6 gene, which encodes one of the voltage-dependent calcium channel gamma subunits. However, further studies are needed to understand the impact of CACNG6 methylation and to further explore the plausibility and biological significance of the results obtained.
La metilazione del DNA costituisce un meccanismo epigenetico importante che regola l’espressione genica e può influenzare numerosi processi biologici e di sviluppo. La letteratura esistente ha evidenziato che la metilazione del DNA può variare in risposta a fattori stagionali legati al periodo di nascita, come la durata del giorno, la temperatura e l’esposizione ai raggi UV. Queste variazioni possono avere implicazioni importanti per la salute a lungo termine, incidendo sul rischio di sviluppare malattie mentali, disturbi psichiatrici, malattie allergiche e altre condizioni mediche. L’obiettivo di questa tesi è analizzare la relazione tra il mese di nascita e la metilazione del DNA, valutando se esistano differenze significative nei pattern di metilazione tra individui nati in mesi diversi, noto come Relative Age Effect. Sono stati analizzati i dati di metilazione del DNA di 2060 individui provenienti dai centri italiani dello studio Epic-Italia, controllando per vari confondenti come l’età al reclutamento, il centro di campionamento, il sesso e la stagione del campionamento del sangue. E stata valutata l’associazione tra il trimestre di nascita e la percentuale di metilazione, rappresentata dal valore Beta, correggendo attraverso diversi metodi statistici. Utilizzando quindi la soglia di Bonferroni, di Sidak, Holm e Hochberg e quella del False Discovery Rate, sono emersi tre siti CpG significativi nel secondo trimestre: un sito CpG in particolare è legato al gene CACNG6, un gene che codifica una delle sub-unità gamma dei canali del calcio voltaggio-dipendenti. È necessario comunque condurre ulteriori studi per comprendere l’impatto della metilazione di CACNG6 e per esplorare in modo più approfondito la plausibilità e il significato biologico dei risultati ottenuti.
Metodi di correzione per test multipli applicati all'analisi dell'associazione tra la metilazione del DNA e mese di nascita nello studio EPIC-Italia.
GATTAI, ELENA
2023/2024
Abstract
La metilazione del DNA costituisce un meccanismo epigenetico importante che regola l’espressione genica e può influenzare numerosi processi biologici e di sviluppo. La letteratura esistente ha evidenziato che la metilazione del DNA può variare in risposta a fattori stagionali legati al periodo di nascita, come la durata del giorno, la temperatura e l’esposizione ai raggi UV. Queste variazioni possono avere implicazioni importanti per la salute a lungo termine, incidendo sul rischio di sviluppare malattie mentali, disturbi psichiatrici, malattie allergiche e altre condizioni mediche. L’obiettivo di questa tesi è analizzare la relazione tra il mese di nascita e la metilazione del DNA, valutando se esistano differenze significative nei pattern di metilazione tra individui nati in mesi diversi, noto come Relative Age Effect. Sono stati analizzati i dati di metilazione del DNA di 2060 individui provenienti dai centri italiani dello studio Epic-Italia, controllando per vari confondenti come l’età al reclutamento, il centro di campionamento, il sesso e la stagione del campionamento del sangue. E stata valutata l’associazione tra il trimestre di nascita e la percentuale di metilazione, rappresentata dal valore Beta, correggendo attraverso diversi metodi statistici. Utilizzando quindi la soglia di Bonferroni, di Sidak, Holm e Hochberg e quella del False Discovery Rate, sono emersi tre siti CpG significativi nel secondo trimestre: un sito CpG in particolare è legato al gene CACNG6, un gene che codifica una delle sub-unità gamma dei canali del calcio voltaggio-dipendenti. È necessario comunque condurre ulteriori studi per comprendere l’impatto della metilazione di CACNG6 e per esplorare in modo più approfondito la plausibilità e il significato biologico dei risultati ottenuti.| File | Dimensione | Formato | |
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