Comparazione genomica e caratterizzazione fisiologica di isolati di Arcobacter butzleri

La specie batterica Arcobacter butzleri negli ultimi anni è stata identificata come "foodborne pathogen" agente di malattie in uomo (batteriemie, endocarditi, gastroenteriti e diarrea) e in animali (mastiti, aborti e diarrea). Delle diverse specie patogene incluse nel genere Arcobacter quella considerata maggiormente patogena è Arcobacter butzleri essendo stata più frequentemente associata a condizioni cliniche nell’uomo. Questo lavoro di tesi è stato svolto su ceppi di A. butzleri isolati da diverse matrici quali pelle di pollo, intestino di pollo e superfici ambientali di un macello dopo la pulizia. Dopo aver valutato l'antibiotico resistenza (AR) di questi isolati ne sono stati selezionati 57 (suscettibili e resistenti agli antibiotici) sui cui sono state svolte analisi dell'intero genoma per ottenere informazioni riguardanti alla comparazione genomica e alla caratterizzazione fisiologica di isolati di A. butzleri provenienti dalla filiera avicola. La quasi totalità degli isolati è risultata antibiotico resistente con un consistente numero di isolati presenti su diverse matrici ambientali. Questo aspetto suggerisce la cross-contamination all'interno del macello. Dopo l'analisi dei genomi sono stati selezionati 31 ceppi (average nucleotide identity < 99.9%) risultati bassi/moderati produttori di biofilm dalla valutazione del biofilm formation index. In ultimo è stata svolta la prova di colonizzazione batterica in vitro sulla linea cellulare intestinale HT29-MTX, su cui tutti i ceppi hanno mostrato capacità colonizzatrice. Nel complesso la capacità di A. butzleri di resistere agli antibiotici e alle procedure di pulizia nel macello, oltre alla potenziale patogenicità osservata in vitro indicano che questa specie rappresenta un patogeno batterico rilevante nella produzione di carni avicole.