Gastrointestinal infections are inflammatory syndromes involving the stomach and/or intestines caused mainly by pathogens such as bacteria, viruses and parasites. Symptomatology can develop in a mild form and have in most cases spontaneous resolution, or develop in a more severe form and lead to more serious consequences, among which the most feared is dehydration; for this reason, timely diagnosis and identification of pathogens is the basis for the control of epidemic outbreaks and for the allocation of appropriate therapy as soon as possible. The diagnosis of infection is based on the patient's symptoms, the reconstruction of his actions and behaviors in the days preceding the onset of symptoms and the analysis of the stool. Clinical laboratories, for the research of gastrointestinal pathogens, use various conventional tests such as culture tests, biochemical identifications, microscope tests and immunological assays; in recent years, the use of multiplex gastrointestinal panels has increased, which aim to simultaneously search for a greater number of pathogens, detecting specific nucleotide sequences. In this thesis, the results obtained from routine conventional microbiological analyses were compared with those obtained through the gastrointestinal panel Filmarray (Biofire)which aims to detect and simultaneously identify nucleic acids belonging to 22 gastrointestinal pathogens, in particular 13 bacteria, 5 viruses and 4 parasites. 200 samples were analyzed for which the clinicians had requested the research of gastrointestinal pathogens using the Filmarray panel: 61 patients (30.5%) were positive to at least one pathogen, the remaining 139 patients (69.5%) were negative for all 22 pathogens tested by the molecular test; out of 61 positive patients, 56 were positive for a single pathogen and the remaining 5 patients (2.5%) were positive for two pathogens. By conventional analysis, 22 patients (11%) out of 200 patients were positive. The gastrointestinal panel Filmarray provides the results of the analysis in about an hour, while the reporting time of traditional analyses can take from 48 to 96 hours. The molecular technique used proved to be easy to perform, sensitive, specific and quick to detect and identify pathogens.
Le infezioni gastrointestinali sono sindromi infiammatorie coinvolgenti stomaco e/o intestino causate principalmente da patogeni quali batteri, virus e parassiti. La sintomatologia può svilupparsi in forma lieve ed avere nella maggior parte delle casistiche risoluzione spontanea, oppure svilupparsi in forma più severa e portare a conseguenze più gravi, tra cui la più temuta è la disidratazione; per tale ragione una tempestiva diagnosi e l’identificazione degli agenti patogeni è alla base per il controllo di focolai epidemici e per assegnare una terapia adeguata nel minor tempo possibile. La diagnosi di infezione si basa sui sintomi del paziente, la ricostruzione delle sue azioni e dei suoi comportamenti nei giorni precedenti all’insorgenza della sintomatologia e l’analisi delle feci. I laboratori clinici, per la ricerca di patogeni gastrointestinali, utilizzano vari test convenzionali quali esami colturali, identificazioni biochimiche, esami al microscopio e dosaggi immunologici; negli ultimi anni è aumentato l’utilizzo dei pannelli gastrointestinali multiplex, i quali hanno l’obiettivo di ricercare contemporaneamente un maggior numero di patogeni, andando a rilevare specifiche sequenze nucleotidiche. In questa tesi sono stati confrontati i risultati ottenuti dalle analisi convenzionali microbiologiche di routine con quelli ottenuti tramite il pannello gastrointestinale FilmArray (Biofire), il quale ha lo scopo di rilevare ed identificare simultaneamente gli acidi nucleici appartenenti a 22 patogeni gastrointestinali, in particolare a 13 batteri, 5 virus e 4 parassiti. Sono stati analizzati 200 campioni per i quali i Clinici avevano richiesto la ricerca dei patogeni gastrointestinali mediante il pannello FilmArray: 61 pazienti (30,5%) sono risultati positivi ad almeno un agente patogeno, i restanti 139 pazienti (69,5%) sono risultati negativi a tutti i 22 patogeni ricercati dal test molecolare; su 61 pazienti positivi, 56 di questi sono risultati positivi ad un singolo agente patogeno e i restanti 5 pazienti (2,5%) sono risultati positivi a due agenti patogeni. Mediante le analisi convenzionali sono risultati positivi 22 pazienti (11%) sui 200 pazienti totali. Il pannello gastrointestinale FilmArray fornisce i risultati dell’analisi in un’ora circa, mentre il tempo di refertazione delle analisi tradizionali può richiedere da 48 a 96 ore. La tecnica molecolare utilizzata si è dimostrata di facile esecuzione, sensibile, specifica e rapida nel rilevare ed identificare gli agenti patogeni.
DIAGNOSI DI INFEZIONI GASTROINTESTINALI: CONFRONTO TRA UN METODO MOLECOLARE MULTIPLEX RAPIDO E LA DIAGNOSTICA MICROBIOLOGICA TRADIZIONALE.
VACCA, MICHELA
2020/2021
Abstract
Le infezioni gastrointestinali sono sindromi infiammatorie coinvolgenti stomaco e/o intestino causate principalmente da patogeni quali batteri, virus e parassiti. La sintomatologia può svilupparsi in forma lieve ed avere nella maggior parte delle casistiche risoluzione spontanea, oppure svilupparsi in forma più severa e portare a conseguenze più gravi, tra cui la più temuta è la disidratazione; per tale ragione una tempestiva diagnosi e l’identificazione degli agenti patogeni è alla base per il controllo di focolai epidemici e per assegnare una terapia adeguata nel minor tempo possibile. La diagnosi di infezione si basa sui sintomi del paziente, la ricostruzione delle sue azioni e dei suoi comportamenti nei giorni precedenti all’insorgenza della sintomatologia e l’analisi delle feci. I laboratori clinici, per la ricerca di patogeni gastrointestinali, utilizzano vari test convenzionali quali esami colturali, identificazioni biochimiche, esami al microscopio e dosaggi immunologici; negli ultimi anni è aumentato l’utilizzo dei pannelli gastrointestinali multiplex, i quali hanno l’obiettivo di ricercare contemporaneamente un maggior numero di patogeni, andando a rilevare specifiche sequenze nucleotidiche. In questa tesi sono stati confrontati i risultati ottenuti dalle analisi convenzionali microbiologiche di routine con quelli ottenuti tramite il pannello gastrointestinale FilmArray (Biofire), il quale ha lo scopo di rilevare ed identificare simultaneamente gli acidi nucleici appartenenti a 22 patogeni gastrointestinali, in particolare a 13 batteri, 5 virus e 4 parassiti. Sono stati analizzati 200 campioni per i quali i Clinici avevano richiesto la ricerca dei patogeni gastrointestinali mediante il pannello FilmArray: 61 pazienti (30,5%) sono risultati positivi ad almeno un agente patogeno, i restanti 139 pazienti (69,5%) sono risultati negativi a tutti i 22 patogeni ricercati dal test molecolare; su 61 pazienti positivi, 56 di questi sono risultati positivi ad un singolo agente patogeno e i restanti 5 pazienti (2,5%) sono risultati positivi a due agenti patogeni. Mediante le analisi convenzionali sono risultati positivi 22 pazienti (11%) sui 200 pazienti totali. Il pannello gastrointestinale FilmArray fornisce i risultati dell’analisi in un’ora circa, mentre il tempo di refertazione delle analisi tradizionali può richiedere da 48 a 96 ore. La tecnica molecolare utilizzata si è dimostrata di facile esecuzione, sensibile, specifica e rapida nel rilevare ed identificare gli agenti patogeni.| File | Dimensione | Formato | |
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