Listeria monocytogenes è un microorganismo patogeno di origine alimentare ed agente eziologico della Listeriosi umana, una tossinfezione causa di sintomatologia che, seppur con prevalenza ridotta, risulta essere grave, soprattutto in pazienti particolari, quali: neonati, anziani, immuno-compromessi e donne in gravidanza. La discriminazione rapida e precisa del genotipo d’appartenenza di L. monocytogenes, quale ad esempio il clonal complex (CC), data la dimostrazione di correlazione con particolari caratteristiche come: virulenza, patogenicità o capacità di produrre biofilm e quindi resistere nell’ambiente, si rende molto utile in un’indagine di tipo ispettivo. Un test rapido e che permette un risparmio ingente in termini di costi, risulta essere rappresentato dalla spettrometria di massa con MALDI-TOF MS. In questo lavoro si è voluto pertanto valutare la possibilità di utilizzare il MALDI-TOF MS nella discriminazione del complesso clonale di un campione di L. monocytogenes ignoto. Un totale di 54 isolati, facenti parte del CC9, CC31 e CC121, sono stati scelti sulla base della prevalenza degli stessi all’interno della popolazione. Tutti gli isolati inclusi nello studio presentavano un sequenziamento dell’intero genoma, si conosceva pertanto il clonal complex d’appartenenza di ogni ceppo in esame. Successivamente alla rivitalizzazione, alla semina e alla lettura per mezzo del MALDI-TOF, sono stati analizzati gli spettri risultanti, prima con una metodica descrittiva e poi con un’analisi di tipo predittivo. Per l’analisi descrittiva è stato utilizzato il software Metaboanalyst, il quale ha delineato la presenza di alcuni picchi, descritti come statisticamente significativi, attraverso i quali è possibile differenziare i ceppi in esame sulla base del clonal complex d’appartenenza. Successivamente, attraverso l’utilizzo del software ClinPro Tool, sono stati creati due modelli predittivi, comprendenti: il primo i CC9, CC31 e CC121 mentre il secondo i CC9 e CC31, dai quali sono emerse buone percentuali di identificazione attraverso validazione esterna. Il MALDI-TOF MS, dai risultati ottenuti in questo lavoro, può venir quindi utilizzato per la discriminazione del genotipo, in particolare del clonal complex, d’appartenenza di un campione di Listeria monocytogenes in esame con notevoli risparmi in termini di tempo e costi per il laboratorio. Queste caratteristiche risultano essere maggiormente impattanti in un laboratorio che si occupa di controllo degli alimenti in cui quindi la numerosità campionaria e i tempi di risposta sono fondamentali.
Identificazione e caratterizzazione di ceppi di L. monocytogenes di interesse per il comparto alimentare mediante MALDI-TOF MS
RUBIOLO, EMANUELE
2020/2021
Abstract
Listeria monocytogenes è un microorganismo patogeno di origine alimentare ed agente eziologico della Listeriosi umana, una tossinfezione causa di sintomatologia che, seppur con prevalenza ridotta, risulta essere grave, soprattutto in pazienti particolari, quali: neonati, anziani, immuno-compromessi e donne in gravidanza. La discriminazione rapida e precisa del genotipo d’appartenenza di L. monocytogenes, quale ad esempio il clonal complex (CC), data la dimostrazione di correlazione con particolari caratteristiche come: virulenza, patogenicità o capacità di produrre biofilm e quindi resistere nell’ambiente, si rende molto utile in un’indagine di tipo ispettivo. Un test rapido e che permette un risparmio ingente in termini di costi, risulta essere rappresentato dalla spettrometria di massa con MALDI-TOF MS. In questo lavoro si è voluto pertanto valutare la possibilità di utilizzare il MALDI-TOF MS nella discriminazione del complesso clonale di un campione di L. monocytogenes ignoto. Un totale di 54 isolati, facenti parte del CC9, CC31 e CC121, sono stati scelti sulla base della prevalenza degli stessi all’interno della popolazione. Tutti gli isolati inclusi nello studio presentavano un sequenziamento dell’intero genoma, si conosceva pertanto il clonal complex d’appartenenza di ogni ceppo in esame. Successivamente alla rivitalizzazione, alla semina e alla lettura per mezzo del MALDI-TOF, sono stati analizzati gli spettri risultanti, prima con una metodica descrittiva e poi con un’analisi di tipo predittivo. Per l’analisi descrittiva è stato utilizzato il software Metaboanalyst, il quale ha delineato la presenza di alcuni picchi, descritti come statisticamente significativi, attraverso i quali è possibile differenziare i ceppi in esame sulla base del clonal complex d’appartenenza. Successivamente, attraverso l’utilizzo del software ClinPro Tool, sono stati creati due modelli predittivi, comprendenti: il primo i CC9, CC31 e CC121 mentre il secondo i CC9 e CC31, dai quali sono emerse buone percentuali di identificazione attraverso validazione esterna. Il MALDI-TOF MS, dai risultati ottenuti in questo lavoro, può venir quindi utilizzato per la discriminazione del genotipo, in particolare del clonal complex, d’appartenenza di un campione di Listeria monocytogenes in esame con notevoli risparmi in termini di tempo e costi per il laboratorio. Queste caratteristiche risultano essere maggiormente impattanti in un laboratorio che si occupa di controllo degli alimenti in cui quindi la numerosità campionaria e i tempi di risposta sono fondamentali.File | Dimensione | Formato | |
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