Il ruolo del mycobiota (funghi filamnetosi e lieviti) nel tratto gastrointestinale.

The human microbiota plays a central role in maintaining the host’s health. This ecosystem includes different fungal species called as “mycobiota”. Its potential role as a biomarker in a pathological status is increasing. Mycobiota accounts for 0.1% of the total gut microbiome and includes yeast (unicellular) and filamentous or moldy (multicellular) fungi. The interaction between host and his microbiome can have a huge effect on human health. A disbiosis of the gut microbiome can lead to serious consequences such as chronic diseases or manifestations of acute disorders (IBD, obesity and diabetes), and the reconstruction of the microbiota is considered a therapeutic option in some disease. If confirmed by scientific evidence, the modification of the mycobiota due to diet and lifestyle can be an option in order to reduce disease.

Nell’uomo è ampiamente studiata e riconosciuta l’esistenza del microbioma batterico intestinale mentre è oggetto di studi e ricerche il micobioma intestinale dato che il contributo dei funghi costituisce meno dell’1% del microbioma umano. Un’ampia diversità fungina è stata rilevata nel tratto gastro-intestinale umano. Questa prende il nome di micobioma intestinale e convive con altri microrganismi (archea, batteri, virus e protozoi) che nel complesso formano il microbioma. Il micobiota ha un ruolo nel mantenimento della salute e dell’omeostasi dell’ospite e comprendere le interazioni che si vengono a creare tra l’ospite, il micobiota e gli altri membri del microbiota ci aiuta a sviluppare nuove strategie terapeutiche per le malattie dell’uomo in casi di disbiosi. Le disbiosi intestinali sono spesso implicate nella patogenesi di malattie infiammatorie come IBD e sindromi metaboliche come il diabete. I funghi comunemente presenti nei campioni fecali sono stati isolati anche in altre nicchie ecologiche come la cavità orale, la superficie della pelle, le superfici mucosali, nel cibo e nell’ambiente circostante. Per riconoscere quali funghi hanno una sostanziale influenza sulle funzioni dell’ospite c’è bisogno di differenziare i membri transitori da quelli effettivamente colonizzatori. Per identificare i fungi esistono metodi molecolari (o metodi coltura indipendente) che sequenziano il genoma fungino basandosi sull’analisi di rRNA e ITS (ITS1 e ITS2), che prendono il nome di NGS (next generation sequencing) e metodi coltura dipendenti che permettono di identificare i funghi in base alla crescita su terreni selettivi, con prove che li caratterizzano dal punto di vista fenotipico.Le specie fungine più frequentemente associate a individui sani riportate nei risultati dei test sono del genere Candida,Saccharomyces,Malassezia, Aspergillus,Fusarium, Cladosporium. Vengono anche descritti i risultati delle identificazioni condotte su campioni fecali di coorti che hanno seguito una dieta controllata, di tipo vegetariana o occidentale (western). La dieta e il tipo di alimenti consumati influenzano maggiormente la diversità fungina intestinale inducendo la produzione di metaboliti con un forte impatto sull’immunità dell’ospite anche se le prime contaminazioni si hanno già al momento della nascita tramite trasmissione materna. Il sistema immunitario intestinale comprende le cellule epiteliali, linfociti, tessuti di Peyer e linfonodi mesenterici e le componenti delle pareti cellulari dei funghi (PAMPs, pathogen-associated molecular patterns, chitina e glucani) vengono riconosciute dal sistema immunitario. Tra i lieviti esistono ceppi che possono essere considerati probiotici come S.boulardii il quale apporta benefici attraverso meccanismi che includono il miglioramento delle barriere fisiche dell’epitelio intestinale e dell’immunità innata. Questo miglioramento della barriera epiteliale si nota nelle strette giunzioni delle sue cellule e nell’escludere in maniera competitiva i microrgamismi patogeni. Il significato e l’impatto degli studi condotti sono mirati a quantificare l’abbondanza di un piccolo numero di specie fungine che effettivamente abitano e hanno un ruolo nell’intestino. Ruolo che interessa la salute umana e l’ecologia dell’intestino.. Gli studi identificano continuamente nuove specie fungine provenienti da campioni fecali umani ottimizzando in futuro la sensibilità dei saggi basati su probe (probe-based assay).