Analisi preliminare del microbiota uterino della cavalla: confronto tra estro e diestro. ​

The onset of culture-independent techniques has made it possible to achieve further awareness of the microbiota hosted by organs that were considered sterile using the traditional diagnostic techniques. Uterine sterility, particularly, has been an equine reproduction dogma for several years, and only recently this concept has been questioned. The present study is a preliminary work that aims to set an adequate investigation protocol for an organ low in microorganisms like the mare’s endometrium. In addition, this study intends to describe the uterine microbiota of the healthy mare and to assess if exist differences between estrus and diestrus by analysing mares in different stages of the estrus cycle. In order to do that, 11 mares from the Keros Centre, in Belgium, have been sampled using a uterine citobrush during estrus and diestrus. DNA extraction and paired-end sequencing of V3 and V4 regions of the 16S rRNA genus have been performed on the samples. The total ASV (Amplicon Sequence Variant) obtained were 407 and the most abundant phyla were Firmicutes, Bacteroidetes and Proteobacteria, validating the results achieved by other studies. It was found that the uterus physiologically harbours a microbial community during diestrus, too. It was not possible to find statistically significant differences between estrus and diestrus microbiota. Nevertheless, it was observed that the majority of the obtained sequences belonged to the host (mare’s mitochondrial DNA), not allowing to reach the desired depth of analysis and making further adjustments necessary in order to achieve a more effective investigation protocol for this organ to be used in future studies.

L’avvento di tecniche innovative non basate sulla coltura microbiologica ha permesso di ampliare notevolmente la conoscenza del microbiota di organi che sono stati a lungo considerati sterili secondo le tecniche diagnostiche classiche. In particolare, la sterilità dell’utero è stata un dogma della riproduzione equina per molti anni e, solo recentemente, questo concetto è stato messo in discussione. Il presente studio è un lavoro preliminare per cercare di settare un protocollo di indagine adeguato per un organo non particolarmente ricco di microrganismi come è l’utero della cavalla. Inoltre, analizzando fattrici in diverse fasi del ciclo estrale, si prefigge l’obiettivo di descrivere il microbiota uterino della cavalla sana e valutare se vi siano differenze tra la fase estrale e quella diestrale. Per fare questo, sono state campionate per mezzo di un cytobrush uterino 11 cavalle residenti al centro Keros, in Belgio, durante la fase di estro e quella di diestro successiva. I campioni sono stati sottoposti ad estrazione del DNA e sequenziamento paired-end delle regioni V3 e V4 del gene 16S rRNA. Le ASV (Amplicon Sequence Variant) totali ottenute sono state 407. I Phyla maggiormente presenti sono stati Firmicutes, Bacteroidetes e Proteobacteria, confermando così i risultati ottenuti da altri studi. Si è potuto constatare come, anche durante la fase diestrale, l’utero ospiti fisiologicamente una comunità di microrganismi commensali. Non sono state evidenziate differenze statisticamente significative tra il microbiota estrale e quello diestrale. È stato tuttavia osservato come la maggior parte delle sequenze appartenessero all’ospite (DNA mitocondriale della cavalla), non permettendo di raggiungere la profondità d’analisi sperata e rendendo quindi necessari ulteriori aggiustamenti in futuro per impostare un protocollo d’indagine più efficace per questo particolare organo.